孔融字文举，鲁国人，孔子二十世孙也。高祖父尚，钜鹿太守。父宙，泰山都尉。
融幼有异才。年十岁，随父诣京师。时河南尹李膺以简重自居，不妄接士宾客。敕外非通家不得白。融欲观其人，遂造门曰：「我与李君通家。」门者言之。膺请见，问曰：「高明祖父尝与仆周旋乎？」融曰：「然。先君孔子与君先人李老君同德比义，而相师友，则融与君累世通家也。」众坐莫不叹息。太中大夫陈炜后至，闻之曰：「夫人小而聪了，大未必奇。」融应声曰：「观君所言，将不早惠乎？」膺大笑曰：「高明必为伟器。」
山阳张俭为中常侍侯览所怨，亡命来投。融兄褒不在，时融年十六，俭以其少，不告也。融察其有窘色，谓曰：「吾独不能为君主邪？」因留舍藏之。后事泄，国相以下，密就掩捕，俭得脱走，收褒、融送狱。二人争死，郡县疑不能决，乃上谳。诏书竟坐褒，由是显名。
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太祖既积嫌忌，而郗虑复构成其罪，遂令丞相军谋掾路粹枉状奏融曰：「少府孔融，昔在北海，招合徒众，欲规不轨；及与孙权使语，谤讪朝廷；又与祢衡更相赞扬，衡谓融曰『仲尼不死』，融答『颜回复生』。大逆不道，宜极重诛。」书奏，下狱弃市，妻子皆徙边。时年五十六。