崔琰字季珪，清河东武城人也。少朴讷，好击剑，尚武事。年二十三，乡移为正，始感激，读《论语》、韩诗。至年二十九，乃结公孙方等就郑玄受学，学未期，徐州黄巾贼攻破北海，玄与琰囚执其中，几死，逾年得脱。更避地南方，以《尚书》、《春秋》诲诸生。
崔琰，字季珪，是清河郡东武城县人。他年轻时质朴木讷，喜好击剑，崇尚武艺。二十三岁时，被乡里推举为“正”（地方小吏），才受到激励，开始发奋读书，学习《论语》和《韩诗》。到了二十九岁时，便与公孙方等人一起拜郑玄为师求学。学习还不到一年，徐州的黄巾军攻破了北海，郑玄和崔琰都被围困其中，几乎丧命，过了一年多才得以逃脱。之后又辗转避难到南方，以讲授《尚书》和《春秋》来教导学生。
琰既受遣，而寇虏充斥，西道不通。于是周旋青、兖、徐之间，东下寿春，南望江、湖。历三年，道路乃通，琰然后得还。以儒素自业，州郡请召，皆不就。
崔琰接受师命后，正逢盗寇横行，通往西方的道路不通。于是他在青州、兖州、徐州之间辗转奔波，向东到过寿春，向南远望过长江和洞庭湖。经过三年，道路才得以畅通，崔琰这才得以返回。他以读书人自居，专心于儒学，州郡官府多次征召他做官，他都没有应允。
太祖破袁氏，领冀州牧，辟琰为别驾从事。谓琰曰：“昨案户籍，可得三十万众，故为大州也。”琰对曰：“今天下分崩，九州幅裂，二袁兄弟亲寻干戈，冀方蒸庶暴骨原野。未闻王师仁声先路，救其涂炭，而校计甲兵，惟以立威，岂此州士女所望于明公哉！”太祖改容谢之。
曹操攻破袁绍势力，兼任冀州牧后，征召崔琰担任别驾从事。曹操对崔琰说：“昨天我查阅户籍，发现这里可以征召三十万士兵，果然是个大州啊。”崔琰回答说：“如今天下分崩离析，各州割裂，袁氏兄弟骨肉相残，冀州的百姓尸骨暴露在原野。我还没听说您的仁德之声先于军队到达，拯救百姓于水深火热之中，却先计算兵员数量，只想着树立威势，这难道是冀州百姓对您的期望吗？”曹操立刻神色严肃，向他道歉。
琰声姿高畅，眉目疏朗，须长四尺，甚有威重，朝士瞻望，而太祖亦敬惮焉。迁中尉。时丁仪等见宠于太子，欲害太子之党，以俨为渊谋主，构陷琰。太祖遂大怒，收琰付狱，黜为民。琰在狱，意气壮厉，辞而无挠。后竟赐死。
崔琰声音洪亮，气质高雅，眉目清朗，胡须长达四尺，很有威严庄重的气度，朝廷官员都敬仰他，连曹操也对他既尊敬又有些畏惧。后来升任中尉。当时丁仪等人受到曹丕的宠信，想谋害曹植一党的人，便诬陷崔琰是曹植的主谋。曹操因此大怒，将崔琰逮捕入狱，贬为庶民。崔琰在狱中，意志昂扬刚烈，言辞坚定毫不屈服。后来最终被赐死。
初，太祖性忌，有所不堪者，鲁国孔融、南阳许攸、娄圭，皆以恃旧不虔见诛。而琰最为世所痛惜。
当初，曹操生性多疑忌刻，对于他所不能容忍的人，如鲁国的孔融、南阳的许攸、娄圭，都因倚仗旧交而不够恭敬而被杀。而崔琰之死，最为世人所痛惜。